3 Jahre nach dem Meteorzwischenfall hällt die blutrünstige Armee der Deepground soldiers die Welt in Atem.Vincent Valentine bekommt Wind davon, dass die Soldiers nach ihm suchen um an die wichtige Protomateria zu gelangen. Er entscheidet sich die Shinravilla nach Spuren seiner eigenen Herkunft zu durchsuchen. Vorallem weil das Geheimnis der Protomateria ebenfalls in der Shinravilla schlummert. Vincent verlässt Nibelheim in einem WRO Helikopter und entschwindet hinter dem Horizont, gefolgt von den Deepground Soldiers.